Inspecteur des finances en 1925, Henry du Moulin de Labarthète poursuit sa carrière de haut-fonctionnaire comme directeur de cabinet de Paul Reynaud en 1932. Proche de l'extrême droite ligueuse, il est démis de ses fonctions après les événements du 6 février 1934 pour avoir critiqué le gouvernement et le régime parlementaire. Il se tourne alors vers les milieux financiers de la France coloniale où il occupe à la fin des années 1930 le poste de directeur de la Banque de l’Afrique occidentale. En décembre 1939, il rejoint l’ambassadeur d’Espagne, le maréchal Pétain, comme attaché financier. Il est directeur du cabinet civil du maréchal Pétain du 15 juillet 1940 au 13 avril 1942. A l’arrivée au gouvernement de Pierre Laval, Henry du Moulin de Labarthète démissionne et est nommé attaché financier en Suisse. Il quitte ses fonctions en novembre 1943 et reste en Suisse. Le 17 février 1945, il est relevé de ses fonctions. Il décède en 1948 dans un accident de voiture. Sa révocation est alors annulée.