Nommé résidant général de Tunisie en juin 1940, Marcel Peyrouton est appelé par le gouvernement de Vichy comme ministre de l'Intérieur en remplacement d'André Marquet. Proche du maréchal Pétain et hostile à Pierre Laval, il est évincé en février 1941 et reste, jusqu'en avril 1942, en Argentine au titre d'ambassadeur de France. Après le Débarquement en Afrique du Nord, il se rallie au général Giraud qui le nomme gouverneur général de l'Algérie. Bien qu'il ait participé à l'élaboration des lois anti-juives et abroger le décret Crémieux, il est acquitté par la Haute-Cour de Justice en 1948 après un long internement administratif.