"Né et élevé dans une maison sans livre", à l'instar de Toudic, héros de son unique roman, Jean Guéhenno est le fils d'une chaussonnière et d'un cordonnier de Fougères (Ille-et-Vilaine). Ecrivain quelque peu oublié aujourd'hui, il a été une figure intellectuelle de premier plan dans les années 1930 et 1940.
Ayant dû quitter l'école à 14 ans pour rapporter un salaire, suite à la maladie de son père, il obtient brillamment le baccalauréat qu'il a préparé seul, chaque soir. Boursier au lycée de Rennes il réussit le concours de la rue d'Ulm (1911). Mobilisé en 1914, il est blessé en mars 1915, près d'Ypres. "La mort inutile" dans les tranchées de nombreux condisciples et amis de l'Ecole constitue, dès lors, un thème central de son oeuvre et fonde chez lui un engagement pacifiste viscéral. Il évoque l'expérience de la Grande Guerre dans La jeunesse morte, roman largement autobiographique refusé par les éditeurs en 1921.
Après la guerre, il est reçu à l'agrégation de lettres (1920). Il enseigne aux khâgneux des grands lycées parisiens à partir de 1927. Son humanisme, son charisme et son éloquence chaleureuse ont marqué toute une jeunesse intellectuelle de l'entre-deux-guerres. Journaliste et essayiste, Jean Guéhenno est alors un écrivain reconnu et écouté. Archétype de la méritocratie républicaine, il vit son ascension dans la crainte d'une trahison des siens : il évoque ce dilemme dans Caliban parle (1928). Face à la montée des périls, dans les années 1930, il s'éloigne des luttes sociales pour défendre des positions résoluement pacifistes, antimilitaristes, antinationalistes et antifascistes. Il s'exprime dans la revue Europe, dont il a pris, en 1928, la direction, à l'instigation de Romain Rolland. Il la hisse haut dans le paysage intellectuel français, grâce à des sommaires ouverts à toutes les sensibilités de la gauche et aux plumes, françaises et étrangères, les plus talentueuses. Le Journal d'un homme de 40 ans qu'il y publie en 1934 se présente comme une profession de foi humaniste où ce "général de la paix" (Jean-Kely Paulhan) défend avec vigueur ce refus inconditionnel de la guerre. Au lendemain des émeutes du 6 février 1934, il signe la pétition qui marque la naissance du CVIA (Comité de vigilance des intellectuels antifascistes) auquel il ouvre les colonnes de la revue. Il doit quitter la direction du mensuel en 1936, lorsque les communistes en prennent le contrôle. Cette trajectoire intellectuelle se poursuit à l'hebdomadaire Vendredi (1935-1938), soutien indépendant du gouvernement Blum. Aux côtés de la communiste Andrée Viollis et du radical André Chamson, Guéhenno incarne la mouvance socialiste, sans être encarté à la SFIO. Le Journal d'une révolution rédigé en 1936-1937 (1939) relate avec lucidité cette expérience du Front populaire. Guéhenno reste muet sur les accords de Munich, prisonnier de ses illusions pacifistes. Sous l'Occupation, il fait figure d'exception parmi les clercs en décidant de se tapir dans "le silence de la mer" : il refuse en effet de publier le moindre texte tant qu'il faudra obtenir l'imprimatur allemande. Il se consacre à ses étudiants et à la préparation d'une biographie intellectuelle de Jean-Jacques Rousseau. Il s'engage dans la Résistance intellectuelle au sein du CNE (Comité national des écrivains) qu'il contribue à créer en 1942 et en collaborant aux Lettres françaises. En septembre 1943, une circulaire du ministère de l'Instruction publique de Vichy le rétrograde : il perd sa chaire du Lycée Louis-le-Grand et se voit confier une classe de quatrième du lycée Buffon. Il publie en 1944, aux éditions de Minuit, un court texte, Dans la prison. Le carnet particulièrement riche et émouvant qu'il tient pendant l'Occupation est publié en 1946 sous le titre de Journal des années noires.
Sous le GPRF, Jean Guéhenno est brièvement en charge de la culture populaire et des mouvements de jeunesse. En 1945, il est nommé Inspecteur général de l'Education nationale, fonction qu'il occupera seize ans au cours desquels il fera de nombreux voyages, lui inspirant quelques livres (Voyages : tournée américaine, tournée africaine, 1952 ; La France et les Noirs, 1954).  Reçu à l'Académie française en 1962, il poursuit ses activités journalistiques comme chroniqueur au Figaro (1944-1977) puis au Monde (1977-1978). Frappé de malaise lors d'une d'une conférence enflammée sur Rousseau et Voltaire, il décède des suites d'une hémiplégie, le 22 septembre 1978, à Paris. Le Journal des années noires a été réédité trois fois en poche depuis 1946. La jeunesse morte a paru à titre posthume en 2008.